开头就是大背景文字描述，表示看不太懂日文，大概的意思应该是讲述1代诺亚大面积破坏人类所居住的环境，重装机兵2代的故事应该就发生于大破坏之后。这时候一个新的邪恶势力开始大面积的掠夺资源，马多镇也很是担心掠夺者前来掠夺人力资源，物力资源等等。为了阻止掠夺者，马多镇的人们开始商量解决办法，最后他们意见统一，便决定花大价钱雇佣赏金猎人前来对付掠夺者。一段时间后，雇佣兵来到村子，【艾伊，阿帕奇、加西亚“，玛利亚 当然还有主角】。几个人在酒馆进了一番商谈后，这个时候突然掠夺者前来，为了对付掠夺者，赏金猎人一行人迅速的组织村民前往地道避难。正在疏散人员的时候，掠夺者已经赶来，随后加西亚一行人与略夺者展开了激战。赏金猎人一行人轻松拿下前面的杂兵，这个时候大BOSS泰德布罗拉突然出现，轻松的打败赏金猎人一行人，玛利亚为了掩护主角战死。其余赏金猎人也统统战死！主角重伤，被马多镇上的一家人救下。
赏金猎人一行人
杂兵
BOSS出现
战斗中
战斗中
过了很长时间，主角终于醒了过来，这个时候的主角迫切的想知道赏金猎人一行人的情况，老修理工家的孩子便把一些情况告诉了主角，主角听闻后泪流满面。随后主角便问俩小孩子那些战士的安葬处。俩小孩子告诉了主角那些赏金猎人的坟墓所在地，听闻后，主角前去拜祭了一番，便下定决心一定要为自己视为母亲的人玛利亚以及其他赏金猎人前辈们报仇。主角在村子里探查了一番，这时候他听到废墟底下有动静。时不时的传来救命的声音，主角打算把埋藏在底下的人救出来，但是经过一番努力没有任何效果，这时候主角发现旁边有位大块头，于是便请求大块头救人，大块头轻松的将废墟挖开，成功救出俩位老人。恩。。这款游戏有很多支线任务，由于是剧情党 大部分介绍主线。
正在救人的主角
求助大力士
之后，主角返回老修理工的家中，这个时候他在工作台发现了那辆加西亚的战车。主角经过一番打听得知那辆战车报废了，修理工老爷子为了修好战车，前往了厄尔尼诺镇。为了寻找老爷子，主角也打算前往厄尔尼诺镇，在马多镇进行了些补充后，主角出发了。
打听消息的主角
刚来到这个城镇，主角便遇到了一起掠夺者打人的事件，在争论中主角听闻是掠夺者的这些家伙把人家妻子抓走了，听到这再加上掠夺者杀死自己的义母，主角怒火爆发，便决定出手帮助那个人，对抗掠夺者。然而却因为装备上的差异，主角战败倒地。这个时候一个叫夜雾的人把主角秘密的带到了一个地方，经过一番商谈后，主角得知这是反抗掠夺者组织的地下阵地，里奇团长感觉主角不简单，便邀请主角加入他们团队【得先打败几个掠夺者士兵】，随后主角前去寻找掠夺者士兵，轻松打败几名掠夺者。获得里奇的高度认可，成功加入了里奇的反抗组织。之后，主角开始在这个城镇展开探索买这个时候他发现一名被关着的机械师，主角打算把这名机械师救出来，便四下打听消息，这个时候主角觉得有些疲惫了，便来到这个城镇的旅馆休息。当他来到旅店的时候，他发现这里已经被掠夺者占领，店主失踪，出于对掠夺者的痛恨，主角与掠夺者交战，轻松拿下掠夺者。并成功救下被困的商人，主角问商人怎么救出机械师，商人称反抗组织的金牙老前辈有办法，并告知主角怎么找到老金牙前辈。主角经过一番寻找终于找到老金牙，老金牙得知主角是赏金猎人后，告知了救出机械师的办法【去找他的兄弟银牙】。主角了解到一些列的情报后，继续打听马多镇的老修理工的下落，这个时候得知老修理工已经返回马多镇。于是主角返回马多。
主角
马多
修理工称我已经准备好修复战车的所有东西，但是我得花费一晚上的时间，随后安排主角休息，老爷子经过一晚上的修理，终于把加西亚的战车修复好了。之后主角便获得了遗产战车。获得战车后，主角仍然挂着机械师，于是便打算前去寻找银牙老前辈，在路过桥的时候，突然掠夺者挡住了去路，于是主角不得不与掠夺者交战，经过一番激战成功打败掠夺者，被打败之后掠夺者，见情况不太妙啊！决定逃跑，这个时候正好泰德布罗拉开着船到来，这俩小哥随后便跳入海中，游上船只并向老大报告情况，老大得知这俩家伙临阵脱逃，直接将这俩小哥烤糊扔出船只。随后BOSS站在船上面，揣着小手，望着桥上的主角。。。
船
两位小哥
BOSS
BOSS
过桥之后，主角前往下水道寻找银牙，经过一番寻找终于找到银牙老前辈，主角拿出金牙的信物，并向银牙说明情况后，银牙老前辈决定帮忙，之后主角带着银牙前辈来到了机械师的关押处，银牙老前辈轻松的打开关押机械师的牢笼，成功救出机械师。
银牙
银牙
被救出的机械师
被救出的机械师决定和主角一起去探险，随后便加入了主角团队，当然这一作可以用其他伙伴，比起第一代，这个显得很灵活。救出机械师的主角又会遇到什么事情呢？她能否除去掠夺者邪恶势力呢？